В статье произведен анализ и выявлены недостатки существующих интеллектуальных систем поддержки принятия решений для управления сложными биосистемами на примере управления очистными сооружениями. Разработан прототип интеллектуальной системы поддержки принятия решений для управления процессом очистки сточных вод. Для того чтобы выстроить единую систему суждений предложено разработать онтологию предметной области, которая обеспечит полноту знаний. Онтология позволяет сформировать общий словарь, с помощью которого смогут взаимодействовать эксперты из различных предметных областей. В статье рассмотрен пример такой области – процесс очистки сточных вод. В большинстве систем онтология понимается как структурная спецификация некоторой предметной области, ее формализованное представление, которое включает словарь или имена указателей на термины предметной области и логические связи.